顯色原位雜交（Chromogenic in situ Hybridization） ＆
銀增強原位雜交（Silver enhanced in situ Hybridization）
自2000年以來，顯色原位雜交（CISH）被開發並不斷完善，這是一種簡單實用的DNA熒光原位雜交（FISH）替代技術，其不依賴昂貴的熒光顯微鏡儀器和專業知識。
在CISH中，探針用抗原部分標記，通過酶偶聯抗體進行檢測，常用酶包括能催化顯色底物反應的辣根過氧化物酶（HRP）或鹼性磷酸酶（AP）。產生的髮色體沉澱在探針靶位點處，可通過標準明視野顯微鏡檢測到。
除了簡便易用、經濟、可替代FISH技術這些優點外，顯色雜交法還具有獨特優勢：即能在同一圖像中同時觀察組織環境（包括細胞核和細胞形狀）和探針信號。不同於大多數熒光檢測試劑，大部分CISH法使用的顯色試劑化學性質穩定，且不會隨時間褪色，易於保存和样本複查。
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CISH |
而另一種流行的原位雜交變體技術採用金相檢測。這些技術中，雜交探針聯接酶，可誘發中和反應並可使溶液中金屬（最常見的金屬是銀）沉澱到探針靶位點上（銀染原位雜交，SISH）。儘管產生的色斑僅一種顏色—黑色，但此顏色較深、有細密紋理，並且絕對穩定。
SISH檢測的另一優點是：與現有熒光法相比，其耗時更短。此外，與其他CISH方法一樣，通過本法獲得的結果和細胞或組織形態環境可通過傳統明視野顯微鏡輕鬆分析。而且，大多數SISH方法非常適於全自動模式下運行。儘管FISH仍是檢測許多特異性染色體異常公認的金標準，但越來越多的SISH探針和替代方法正在開發和驗證，特別是癌基因擴增檢測方面。
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