显色原位杂交（CISH）和银染原位杂交（SISH）
自2000年以来，显色原位杂交（CISH）被开发并不断完善，这是一种简单实用的DNA荧光原位杂交（FISH）替代技术，其不依赖昂贵的荧光显微镜仪器和专业知识。
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在CISH中，探针用抗原部分标记，通过酶偶联抗体进行检测，常用酶包括能催化显色底物反应的辣根过氧化物酶（HRP）或碱性磷酸酶（AP）。产生的发色体沉淀在探针靶位点处，可通过标准明视野显微镜检测到。
除了简便易用、经济、可替代FISH技术这些优点外，显色杂交法还具有独特优势：即能在同一图像中同时观察组织环境（包括细胞核和细胞形状）和探针信号。不同于大多数荧光检测试剂，大部分CISH法使用的显色试剂化学性质稳定，且不会随时间褪色，易于保存和样本复查。
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CISH |
而另一种流行的原位杂交变体技术采用金相检测。这些技术中，杂交探针联接酶，可诱发中和反应并可使溶液中金属（最常见的金属是银）沉淀到探针靶位点上（银染原位杂交，SISH）。尽管产生的色斑仅一种颜色—黑色，但此颜色较深、有细密纹理，并且绝对稳定。
SISH检测的另一优点是：与现有荧光法相比，其耗时更短。此外，与其他CISH方法一样，通过本法获得的结果和细胞或组织形态环境可通过传统明视野显微镜轻松分析。而且，大多数SISH方法非常适于全自动模式下运行。尽管FISH仍是检测许多特异性染色体异常公认的金标准，但越来越多的SISH探针和替代方法正在开发和验证，特别是癌基因扩增检测方面。
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